مسجد گنجعلیخان درشمال شرقی میدان و همجوار با کاروانسرای گنجعلیخان قرار گرفته است، فضای داخلی این مسجد کوچک به ابعاد۵×۵/۲۵ متر مربع است. این مسجدگنجینه‌ای از تزئینات معماری اسلامی دوره صفوی نظیر گچ‌بری، کاشیکاری، خطاطی، مقرنس‌کاری، کاربندی، حجاری و نقاشی‌های زیباست. کتیبه پاکار سقف به خط شهاب‌الدین کرمانی، خطاط عصر صفوی بوده که سوره مبارکه جمعه را بایک رنگ (خط وزمینه) نگاشته است.